難生物降解有機物指的是不能被未馴化的活性污泥所降解、而經過一定時間馴化后能在某種程度上降解的有機化合物。廢水中的一些有毒大分子有機物如有機氯化物、有機磷農藥、有機重金屬化合物、芳香族為代表的多環及其他長鏈有機化合物都屬于難以被微生物降解的有機物。還有一些有機化合物根本不能被微生物降解可稱為惰性有機物。因此對含有這類有機物廢水處理應采取培養特種微生物等形式對其進行單獨處理或對其采用厭氧等特殊工藝處理使其部分CODCr轉化為BOD5、提高可生化性然后再混合其他污水一起進行二級生物處理。